BoBoiBoy Du hành Vũ trụ nói về một dự án Quả cầu Năng lượng đã bị hủy bỏ từ lâu và các Quả cầu Năng lượng - thứ đã mang lại sự tuyệt vời cho con người và sinh vật khắp vũ trụ, đã bỏ trốn để tránh các thế lực xấu xa bắt cóc chúng. Và có một anh hùng đến từ Trái Đất tên là BoBoiBoy sẽ quyết tâm đi tìm các Quả cầu Năng lượng và bảo vệ Thiên hà của chúng ta.